fcitx-mozcといえばLinuxの日本語入力の定番ですが、fcitx-kkcという方式もあります。
Ubuntuなんかはインストールがややこしそうですが（註1）、Archは簡単でした（註2）。
ユーザー辞書を登録することはできませんが、結構充実した辞書がインストールされます。
skk辞書なるものだそうですが、追加で補強できるのか、更新は頻繁に行われるのかいろいろわからないことばかりです。
お試しでこの記事を書いていますが、おおきな問題もなく、わたしのようなOS遊牧民（OSを頻繁に変え、農耕＝細かい設定をしないヒト）には手軽なIMかもしれません。
しばらく使ってみようとおもいます。
fcitx-mozcのパネル（黄色地は自家製）
fcitx-kkc〈あ〉が青い！
リファレンス
（註1）http://blog.goo.ne.jp/ikunya/e/92f6d3bb253563e43719e994a896e089
（註2）https://www.archlinuxjp.org/packages/community/i686/fcitx-kkc/
